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Centre de recherche du CHUM - CRCHUM

Bio-informaticien.ne

900, rue Saint-Denis, Pavillon R, Montreal,QC
  • To be discussed

  • 35.00 h - Full time

  • Contract ,Permanent ,Telecommuting job

  • Day

  • 1 position to fill as soon as possible

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Benefits

Description du poste

Le Centre d’intégration et d’analyse des données médicales (CITADEL) du Centre hospitalier universitaire de l’Université de Montréal (CHUM) s’inscrit dans les initiatives facilitant un CHUM apprenant, enseignant et communiquant. Le projet est né du besoin de structurer les sources de données utiles (cliniques, administratives, financières, rapportées par les patients) afin de les exploiter dans un but de recherche et d’amélioration continue des interventions en santé.

CITADEL est à la recherche d’une personne spécialisée en bioinformatique pour se joindre à son équipe de professionnel·le·s hautement qualifié·e·s. Notre plateforme intègre, organise et analyse les données de millions de patient.e.s traité.e.s dans son réseau. La personne recrutée collaborera avec l’équipe en place pour développer et exploiter cette infrastructure unique, contribuant ainsi à l’amélioration de la santé de centaines de milliers de patient·e·s.
Dans le cadre de ses fonctions, la personne participera à des projets de recherche utilisant diverses applications de la bioinformatique, notamment en santé de précision appliquée à l’oncologie et aux soins intensifs. Elle contribuera également à l’intégration des données omiques (génomiques, transcriptomiques, épigénétiques) et au développement de pipelines facilitant leur utilisation dans le cadre de projets institutionnels, hospitaliers et de recherche

Work environment

Work environmentsCentre de recherche du CHUM - CRCHUM0
Work environmentsCentre de recherche du CHUM - CRCHUM1
Work environmentsCentre de recherche du CHUM - CRCHUM2

Requested skills

Qualifications

Expertise recherchee

  • Diplôme universitaire de deuxième cycle dans une discipline pertinente à l’emploi (bioinformatique, informatique, sciences computationnelles, etc) et une expérience de travail pertinente (3-5 ans+)
  • Expérience dans l’accompagnement de chercheurs, médecins et autres professionnels (CHUM et CRCHUM) pour l’utilisation de la plateforme REDCap et dans le cadre d’activités de bio-informatique
  • Compétence en gestion des accès et autorisations sur la plateforme REDCap
  • Contribution à la création de CRFs, sondages et autres outils selon les besoins des projets
  • Appui à l’équipe d’intégration des données selon les besoins variés des projets
  • Participation ponctuelle à des activités de transfert de connaissances
Expertises en analyses omiques 
  • Expérience en déploiement et utilisation de pipeline d’analyses de données omiques.:
  • Expérience en analyse de données génomiques oncologiques (somatiques et germinales) : analyse, interprétation, extraction, uniformisation, archivage
  • Expérience en analyse de données épigénétiques (expression, méthylation, marques d’histones)
  • Expérience avec l’analyse de données unicellulaires (single cell) unimodales ou multimodales un atout.
  • Compétences démontrées avec certains langages scriptés et autres (obligatoire)
  • Bash, R, python, nextflow
  • Expérience avec l’utilisation des ressources en calcul haute performance (HPC) (Alliance de recherche numérique du Canada (calcul canada)) obligatoire
  • Expérience avec les outils de conteneurisation d’applications (Apptainer (singularity), docker), un atout
  • Expérience de travail avec systèmes de collaboration et gestion des versions (git ou autres), un atout
  • Compétences en utilisation de systèmes de base de données; toutes plateformes confondues, un atout
  • SQL (PostgreSQL, MySQL, Oracle)
Distinction des profils
  • 3-5 ans d’expérience, mais les profils juniors seront également considérés
  • Capacité analytique avancée
  • Peut répondre, évaluer et assurer un suivi des demandes de manière indépendante
  • Propose des solutions ou alternatives aux obstacles encourus
Compétences personnelles
  • Habilité à équilibrer l’autonomie dans l’exécution tâches quotidiennes et le travail en équipe dans un contexte multidisciplinaire
  • Curiosité intellectuelle et volonté d'apprendre de nouvelles méthodes et technologies 
  • Bonne gestion des communications avec les chercheurs et clients
  • Engagement à la mission de l’institution, à l'intégrité scientifique, et à interagir avec les collègues et clients avec respect et courtoisie.

Equal Opportunity Employer

This employer is an equal opportunity employer committed to diversity and inclusion. We are pleased to consider all qualified applicants for employment without regard to race, color, religion, sex, sexual orientation, gender identity, national origin, age, disability, protected veterans status, Aboriginal/Native American status or any other legally-protected factors. Disability-related accommodations are available on request for candidates taking part in all aspects of the selection process.

Requirements

Level of education

University

Diploma

MA

Completed

Work experience (years)

3-5 years

Written languages

Fr : Advanced

En : Advanced

Spoken languages

Fr : Advanced

En : Advanced

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