Technicien.ne de laboratoire spécialisé.e – Génomique et Médecine de précision (soins intensifs)

Présentation du milieu

Le CRCHUM lance un programme innovant de médecine de précision intégré directement aux unités de soins intensifs et des grands brûlés. Ce laboratoire satellite, situé au cœur de l’action clinique, a pour mandat de livrer des analyses multi-omiques (génome, transcriptome, protéome) ultra-rapides pour guider les soins critiques. Nous utilisons principalement la technologie de séquençage par nanopores (Oxford Nanopore Technologies) pour offrir des résultats en temps réel.

Sommaire du poste

Sous la responsabilité du Gestionnaire/Chercheur principal et en étroite collaboration avec les cliniciens-chercheurs, le/la technicien.ne aura pour mandat principal l’implémentation, l’optimisation et l’opération du pipeline complet de séquençage Nanopore.

Le titulaire jouera un rôle clé dans la mise au point technique des protocoles (de l’extraction à la bio-informatique pré-analytique) pour traiter des échantillons complexes (sang, tissus, liquides biologiques) dans des délais très courts requis par l’urgence clinique.

Responsabilités principales

Volet Technique & Séquençage

• Extraction d’acides nucléiques avancée : Maîtriser les techniques d’extraction d’ADN de haut poids moléculaire (HMW DNA) et d’ARN total de haute qualité à partir d’échantillons cliniques difficiles, essentiels pour le séquençage longues lectures.
• Préparation de librairies : Réaliser la préparation de bibliothèques de séquençage complexes (ex: Ligation Sequencing Kit, Rapid Kit, cDNA/Direct RNA) pour la plateforme Oxford Nanopore (MinION/GridION/PromethION).
• Opération des séquenceurs : Gérer le lancement des runs, le chargement des Flow Cells, le monitoring en temps réel et le lavage/stockage des Flow Cells (nuclease flush).
• Traitement pré-analytique des données : Lancer et surveiller les processus de basecalling et effectuer le contrôle qualité primaire des données (QC) avant le transfert à l’équipe de bio-informatique.
• Développement R&D : Participer activement à l’adaptation des protocoles pour le volet transcriptomique et protéomique en développement.

Volet Gestion & Clinique

• Recevoir et enregistrer les spécimens biologiques provenant des soins intensifs avec une rigueur absolue (traçabilité, désidentification).
• Collaborer avec l’équipe clinique pour coordonner les prélèvements urgents.
• Maintenir l’inventaire des réactifs coûteux (Flow Cells, kits) et gérer les dates de péremption critiques.
• Participer à la rédaction des Procédures Opérationnelles Normalisées (SOPs) et à la validation des méthodes selon les normes de qualité clinique (ISO/CAP si applicable).